Protocollen zorgen dat informatie en middelen eenvoudig via het internet gedeeld kunnen worden. Ongeacht welke besturingssystemen je werknemers, leveranciers en partners gebruiken, EFT kan met hen communiceren via alle standaard protocollen. Daaronder vallen onder andere FTP, FTPS, HTTP, HTTPS, AS2 en SFTP. Het verificatieproces wordt gestuurd door de cliënt, niet door de server; kies daarom de protocollen die jouw cliënten nodig hebben om verbinding te maken.